トーンは[ねこまたぎくらぶ]さんの素材を使わせていただいております

まず、トーンを貼る個所を、何色でもいいので塗りつぶしておきます。
この時、同じトーンを貼る個所を同じレイヤー上で塗り潰すようにします。
(61番トーンを貼る個所は、「61」レイヤーに塗る、というように)

塗り終わりましたら、[レイヤーパレット]から、「トーンを貼るレイヤー」を可視状態で
「透明部分の保護」にチェックを入れます。

トーン画像を開いて、[全てを選択]し

[パターンを定義]したら、原稿画像に戻って

[塗り潰し]をクリック

ダイアログが出ますので、「使用」から「パターン」を選んで「OK」

すると、このように「トーンで塗り潰」されます。