これもまた、こういう方法もあるサンプル。
テスト画像は赤、黄、「水色」だったのが失敗かも。
水色が中々消えなくて彩度上げすぎ、黒が黒でなくなりました。
それがこの結果を招くのですが…
ここでは黒線の補正より、色の抽出の方が重要なので、グッバイ黒

赤が20％、黄が5％、水色が10％
のトーンになる予定地の境界線です。

600dpiカラーで撮り込み後、チャンネルの様子を見つつ補正をして
(たとえば、赤チャンネル可視と緑チャンネル可視の、
両方で見える色があってはＮＧ)
サクサクとR、G、B各チャンネルをコピー

RGBに戻して

線画を「色域指定／シャドウ」で選択し、新規レイヤー塗り潰し。
御役御免の「背景」は破棄して、「グレースケール」にします。

さっきコピーしたチャンネルを読み込み、反転して新規レイヤーに
黒で塗り潰して、レイヤー不透明度を変更
赤チャンネルが水色の線にあたるので、これは不透明度10％、
緑チャンネルが赤色の線にあたるので、これは不透明度20％、
青チャンネルが黄色の線にあたるので、これは不透明度5％、

そして各レイヤーのトーン領域にバケツツールでせっせと色流し込み
描画色は「黒」です。
なんだか、5％の線に20％の線が重なって見えた気がしましたが、気にしないことにしました。

色を塗り終えたら、トーンになるレイヤーだけを結合して、
(面倒だったので全部60線にしました。
　もちろん、1つずつ線数変えてもＯＫです)
モノクロ２階調化でアミトーンにします。
もしアミトーンが線画レイヤーの上に湧いた場合は、下位にトーンレイヤーを。

…あれ？けっこう使えるかも…？( ﾟ x ﾟ )